তদানিন্তন পাকভারত উপমহাদেশের ঐতিহ্যবাহী প্রাচীন জেলা যশোর এর বিখ্যাত শহর কোটচাঁদপুর মুসলিম অধ্যুষিত এক প্রাচীন অঞ্চল। ধর্মপ্রাণ মুসলমানের প্রাণের দাবী একটি আদর্শ শিক্ষা প্রতিষ্ঠান;

যেখানে শিক্ষা গ্রহন করে ধন্যহবে তাদের প্রিয় বংশধর। কোরআন, হাদীস, বাংলা, ইংরেজীসহ সামগ্ৰীক বিষয়ে শিক্ষিত হয়ে দ্বীনি শিক্ষার প্রচার ও প্রসারে ব্রতি হবে তারা। শিক্ষার আলো ছড়িয়ে দিবে পৃথিবীর দিকদিগন্তে, দেশ-দেশান্তরে।

যেই ভাবা, সেই কাজ। মুসিলম জনতার সিংহ পুরুষ মরহুম আলহাজ আহমদ আলী সাহেব, এলাকার ধর্মপ্রাণ মানুষের সহযোগিতায় ১৯৪২ইং সালে কোটচাঁদপুর পৌরসভার প্রানকেন্দ্রে পৌরপ্ৰাচীর সংলগ্ন একটি মনোরম স্থানে এলাকা বাসির সার্বিক সহযোগিতায় খাড়া করলেন একটি দ্বীনি প্রতিষ্ঠান। শুরু হলো মাত্র ১০ জন ছাত্র নিয়ে মাদরাসাটি শুভ উদ্বোধন; হাটি, হাটি, পা,পা করে শুভ যাত্রা।

মরহুম পিরে কামেল জনাব আলহাজ আবু বকর ছিদ্দিক (রঃ) সুদুর ফুরফুরা থেকে কলিকাতা আলিয়া মাদ্রাসার ডিগ্রীধারী সনামধন্য আলেমে দ্বীন মরহুম মাওলানা শামছুল হক সাহেবকে পাঠালেন দ্বীনি শিক্ষার প্রচার ও প্রসারের জন্য অত্র এলাকায়। তার বলিষ্ঠ নেতৃত্বে ও অক্লান্ত প্রচেষ্ঠায় যুক্ত হলো এক নূতন মাত্রা। ধীরে ধীরে ছাত্র সংখ্যা বৃদ্ধি পেতে লাগল। সনামধন্য এই আলেমে দ্বীন তার চরিত্র, মেধা, যোগ্যতা ও আধ্যান্তিক শক্তিবলে এলাকার মানুষের অন্তর জয় করে অর্জন করলেন অসীম ভক্তি ও শ্রদ্ধার আসন। মাদরাসাটি উত্তরোত্তর বড় হতে থাকল।

১৯৫৪ ইং সালে ঢাকা আলিয়া মাদরাসার অধীন দাখিল ও ১৯৫৬ ইং সালে আলিম শ্রেনী খোলার অনুমতি পাওয়া গেল। ১৯৬০ ইং সালে মাদরাসাটি ফাযিল শ্রেনী খোলার অনুমতির মাধ্যমে শিক্ষা প্রতিষ্ঠানটির নামকরন করা হয় কোটচাদপুর সিনিয়র মাদরাসা।

অতঃপর পর্যায়ক্রমে ১৯৭৭ ইং সালে অত্র মাদরাসায় দাখিল বিজ্ঞান, ১৯৮০ইং সালে আলিম বিজ্ঞান, ও ১৯৮২ ইং সালে ফাযিল বিজ্ঞান শ্রেনী খোলার অনুমতি লাভের মাধ্যমে যুক্ত হলো অত্র মাদরাসায় শিক্ষার ক্ষেত্রে আরো এক নূতন অধ্যায়।

১৯৮৯ ইং সালে মাদরাসাটিকে ইসলামী শিক্ষার শীর্ষ বিদ্যাপিঠে পরিনত করার লক্ষ্যে তদানিন্তন মাদরাসা পরিচালনা পরিষদের সিদ্ধান্ত, মাদরাসা শিক্ষক, গভর্নিং বডি ও এলাকা বাসির সীমাহীন সহযোগিতায় মাদরাসাটি কামিল স্তরে উন্নিত করা হয়। শুরু হয় কামিল শ্রেনীতে পাঠদান। ছহীহ আল-বুখারী, মুসলিম, ইবনে মাযা, তিরমিজিসহ ছিহাহ সিত্তাহ শিক্ষাদান অব্যহত থাকে।

১৯৯৫ইং সালে মাদরাসাটিতে কামিল শ্রেনীর একাডেমিক অনুমতি লাভ করে বাংলাদেশ মাদরাসা শিক্ষা বোর্ড থেকে। মাদরাসাটির নাম করন করা হয় কোটচাঁদপুর আলিয়া কামিল মাদরাসা।

২০০৬ ইং সালে মাদরাসাটি ইসলামী বিশ্ব বিদ্যালয়ের অধীন অধিভুক্তি লাভ করে, ফলে মাদরাসাটি কামিল মাস্টার্স সমমানের একটি শিক্ষা প্রতিষ্ঠান হিসাবে উন্নিত হয়ে শিক্ষার ধারা অব্যহত রেখে সারা দেশে ইসলামী শিক্ষার প্রচার, প্রসার ও শিক্ষার আলো বিকিরণ করে চলেছে।

বলাবাহুল্য, অত্র মাদরাসাটিতে জে,ডি,সি, দাখিল, আলিম, ফাজিল ও কামিল পরীক্ষা কেন্দ্র চালু আছে। অসংখ্য গুণগ্রহি ও সনামধন্য ভূতপূর্ব ছাত্র ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়, চট্টগ্রাম বিশ্ববিদ্যালয়, ইসলামী বিশ্ববিদ্যালয়, রাজশাহী বিশ্ববিদ্যালয়, ইলিনয় বিশ্ববিদ্যালয় ও বিভিন্ন শিক্ষা প্রতিষ্ঠানসহ দেশে বিদেশে সরকারী বেসরকারী অনেক গুরুত্ব পূর্ণ দায়িত্বে অধিষ্ঠিত থেকে সুনাম ও যোগ্যতার সাথে অর্পিত দায়িত্ব পালন করে যাচ্ছে।

বর্তমানে মাদরাসাটিতে বিভিন্ন শ্রেনীতে ছাত্র-ছাত্রীর সংখ্যা প্রায় ১৫০০। শিক্ষক ও কর্মচারীর সংখ্যা ৪১ জন । উচ্চতর ডিগ্রী সম্পন্ন বিষয় ভিত্তিক পারদর্শি শিক্ষক মন্ডলী দ্বারা বিভিন্ন শ্রেনীতে শিক্ষাদান অব্যহত আছে।